Thématiques de recherche
Thématique 1 (PI : Guillaume Moissiard and Nathalie Picault).
Notre groupe étudie les mécanismes épigénétiques et facteurs chromatiniens qui régulent l’expression génique et répriment les éléments transposables (TEs). Nous caractérisons également la fonction de gènes de TEs ayant été exaptés – ou cooptés, domestiqués – par les plantes. Ces gènes appelés « exapted TE (ETE) » peuvent être de diverses origines, formant des familles géniques telles que les Plant Mobile Domain, MUSTANG ou SLEEPER. Enfin, nous étudions l’impact des TEs sur la diversité transcriptionnelle chez les plantes soumises à des stress abiotiques tels que la chaleur, ceci afin de comprendre comment les TEs peuvent contribuer à l’adaptation des plantes en réponse à des stress environnementaux.
Notre recherche est réalisée chez Arabidopsis et la tomate, deux espèces de plantes ayant des organisations génomiques très différentes. Nous combinons des approches de séquençage de type Illumina à lecture courte et Oxford Nanopore technologies (ONT) à lecture longue pour étudier les différences d’expression génique, la diversité des molécules d’ARN, les variations structurales et les modifications épigénétiques. Nous utilisons aussi des approches de biochimie pour étudier les interactions chromatine/protéines (ChIP-seq) et entre protéines (IP-MS, CLNIP-MS, Co-IP, FPLC…).
Thématique 2 : Dose et dosage des gènes (PI : Frédéric Pontvianne)
Notre groupe a pour objectif de comprendre les mécanismes qui régulent l’expression des gènes avant le début de la transcription. La transcription d’un gène, ou de tout autre élément transcrit, n’est possible que si celui-ci est accessible. Cela signifie qu’il doit se trouver dans une région du noyau ouverte aux facteurs de transcription et présenter une signature épigénétique compatible avec l’activité transcriptionnelle. L’organisation tridimensionnelle du génome dans le noyau joue un rôle clé dans cette régulation, de même que les modifications de la chromatine, comme la méthylation de l’ADN et les modifications post-traductionnelles des histones.
Au sein de notre équipe, nous étudions cette régulation à l’échelle allélique grâce à des approches : (i) soit de génomiques (projet CITRUS) lorsque de la variation nucléotidique est présente en utilisant les agrumes comme modèle, (ii) soit de microscopies (projet POSITIONING) lorsque les allèles ont la même séquence nucléotidique en utilisant Arabidopsis thaliana comme modèle.
Mot-clefs : Épigénétiques, transcription, éléments transposables, exaptation, live-cell imaging
Projets Financés
- ANR PolyPMD (01/2024-06/2028): Antagonism between Plant Mobile Domain-containing proteins and Polycomb-mediated gene silencing. Partners: Olivier Mathieu (coordinator, iGred, Clermont-Ferrand) and Guillaume Moissiard.
- New Frontiers TULIP LabEx (06/2022-12/2024): Impact of transposons on plant adaptation and development by alternative splicing. Coordinators: Nathalie Picault and Guillaume Moissiard.
- ANR DYSCORD (ANR-23-CE20-0036-03; 2024-2028): Dynamics of chromosome organization during reproductive development. Partners: Mathieu Ingouff (coordinator, IRD, Montpellier), Mathilde Grelon (IJPB, INRAe Versailles) et Frédéric Pontvianne.
- ANR Mobil-DNA (ANR-24-CE20-6240-03; 2025-2029): T-DNA fate, regulation and impact during Agrobacterium-Arabidopsis interaction. Partners: Denis Faure (coordinator, I2BC, Saclay), Angélique Déléris (I2BC, Saclay) et Frédéric Pontvianne.
Membres
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