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Équipe Biologie théorique

Equipe de recherche au LGDP

Responsable de l'équipe : GOURBIERE Sébastien

Thématiques de recherche

Caractériser la plasticité et le potentiel évolutif des populations est essentiel pour comprendre la diversité et la distribution des espèces ainsi que pour anticiper leurs réponses aux changements environnementaux. Ces connaissances fondamentales du fonctionnement du vivant sont aujourd’hui indispensables aux politiques publiques de préservation de la biodiversité, de ses services et de nos moyens de subsistance. L’exponentiation des approches ‘-omiques’ révèle de plus en plus finement les mécanismes d’interactions entre gènes, non-gènes et régulation de l’expression des génomes, qui déterminent les aptitudes des organismes à répondre aux modifications de leurs environnements. Dans ces contextes, un enjeu scientifique majeur consiste à intégrer nos connaissances des mécanismes moléculaires impliqués dans les capacités d’acclimatation et d’adaptation à notre compréhension des dynamiques éco-évolutives des populations naturelles. Nous cherchons à contribuer à ce défi de façon résolument interdisciplinaire en proposant des théories ‘Eco-génomiques’ intégrant processus moléculaires, démographiques et évolutifs au sein de modèles permettant d’établir des preuves de concepts et/ou d’être directement confrontés aux données expérimentales. Nous développons pour cela différents types de modèles dynamiques afin de répondre à des questions relatives à l’écologie et à l’évolution des interactions entre hôtes, parasites et environnements abiotiques.     
  1. Quelles sont les déterminants -omiques de la résistance antivirale d’organismes phytoplanctoniques unicellulaires et les impacts de ces déterminants sur les dynamiques éco-évolutives de leurs interactions dans des contextes abiotiques variables ?   
  2. Quels sont les contributions des facteurs de régulation ‘top-down’ et ‘bottom-up’ dans  les dynamiques d’invasion d’insectes phytophages ?  
  3. Quels sont les déterminants écologiques et génomiques de la dynamique des éléments transposables et quel peut-être leur contribution à l’adaptation des plantes à des changements environnementaux ?
Nos travaux sur les interactions phytoplancton-virus se développent au travers des projets ANR ‘PHYTOMICS’ et ‘ELVIRA’ et grâce au soutien de l’UPVD qui finance le doctorat de C. Baux. Les études menées sur les dynamiques d’invasion le sont grâce au soutien de la MITI du CNRS au projet ‘CTRL-INVASION’ et celui de la région Occitanie au doctorat de J.L. Zitoun (2019-2022). Les recherches concernant les dynamiques éco-génomiques des éléments transposables ont également été soutenues par ces deux structures qui ont financé le projet ‘EPIDEOMICS’ et co-financé le doctorat de R. Rousseau en partenariat avec l’EUR ‘TULIP-GS’.  
 

Mots clés : interactions algues-virus, interaction plantes-insectes, invasion biologique, éléments transposables, modélisation, systèmes dynamiques, équations différentielles, modèle individu centré

Projets financés

  • ANR PHYTOMICS (2022 - 2027) : Interactions phytoplankton-virus: des bases moléculaires de la résistance aux virus à leurs dynamiques éco-évolutives. Coordinateur : Sébastien Gourbiere (UPVD/CNRS, Perpignan), Partenaires : Gwenael Piganeau (CNRS, Banyuls sur mer) et Didier STIEN (SU/CNRS, Banyuls sur Mer).
  • ANR ELVIRA (2022 - 2026) : Ecogénomique des interactions phytoplancton-virus en réponse aux variations des facteurs abiotiques (salinité et phosphate). Coordinatrice : Gwenael Piganeau (CNRS, Banyuls sur mer), Partenaires : Sébastien Gourbiere (UPVD/CNRS, Perpignan) et Elisa Schaum (HU, Hambourg).
  • MITI EPIDEOMICS (2021-2023) :  Modélisation Epidémio-Génomique des interactions algues-virus. Coordinateur : Sébastien Gourbiere (UPVD/CNRS, Perpignan), Partenaires : Sheree Yau (CNRS, Banyuls sur mer), Rémy Merret (UPVD/CNRS, Perpignan), Arnaud Casteigts (UB, Bordeaux), Dominique Pontier (UCBL, Lyon).
  • MITI CTRL-INVASION (2020-2022) : Invasion biologique et ressource hétérogène : de la modélisation à la gestion ‘Eco-Bio-Sociale’. Coordinateur : Sébastien Gourbiere (UPVD/CNRS, Perpignan), Partenaires : Joris Bertrand (UPVD/CNRS, Perpignan), Arnaud Casteigts (UB, Bordeaux), Guillaume Lacquement (UPVD/CNRS, Perpignan).
  • CONACYT (2016-2019). Modélisation intégrative des dynamiques hôtes-parasites ; de l’écologie parasitaire à l’écologie du génome. Coordinateur : Sébastien Gourbiere (UPVD/CNRS, Perpignan).
  • CONACYT (2016-2019). ‘Diseño de estrategias de control vectorial de enfermedades de importancia nacional basadas en la ecología de los vectores’. Coordinateur : Etienne Waleckx (IRD, Montpellier), Partenaire : Gourbiere (UPVD/CNRS, Perpignan).



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Thèse et HDR


Mise à jour le 11 février 2025
https://lgdp-pro.univ-perp.fr/recherche/equipe-biologie-theorique