Cahier des charges Sanger

Prestataire de service

Eurofins / Services GATC / Allemagne

Envoi par UPS

Prestations proposées

Séquençage de plasmides ou de produits PCR

Fonctionnement du service

Les expéditions sont programmées en fonction des demandes et de l'urgence des résultats.

Aucune limitation dans l'envoi de séquences. Pour un nombre élevé, prévoir une plaque de séquençage (des plaques de 48 et 96 séquences sont disponibles) et non des tubes.

Les étiquettes d'expédition sont à retirer au bureau de Michèle.

Préparation des échantillons

Pour chaque réaction de séquence, prévoir :

• ADN plasmidique: 250 à 500 ng
• Produits PCR
  • 150-300 pb : 5 ng
  • 300-1000 pb : 25 ng
  • 1000-3000 pb : 50 ng
• Ajouter 2,5 µl d'amorce d’une concentration de 10 µM soit 10 pmoles/µl
• Compléter le volume à 10 µl avec de l’eau dans des tubes Eppendorf de 1,5 ml
• Coller l’étiquette d’envoi comme sur la photo à la fin du document

Les amorces de séquençage

• Les amorces ne doivent pas contenir de phosphorylation ou de colorants fluorescents
• La longueur d'amorce optimale se situe entre 16 et 25 bases
• La température de fusion (Tm) doit être comprise entre 50 et 62°C
• La teneur en GC de l'amorce doit être de 35 à 60 %
• Idéalement, un G ou C doit être situé à l'extrémité 3' de l'amorce
• Le nombre de G ou C en 3’ ne doit pas dépasser 2 G ou C
• Si possible, évitez > 3 bases identiques d'affilée dans la séquence

Récupération des résultats

Les résultats des séquences sont accessibles ici (onglet plateforme / sequençage / accès séquences de l'intranet). Un email vous sera envoyé pour vous informer de la disponibilité.

Important

Pour le séquençage des fragments PCR, un dosage sur gel est recommandé.

La qualité de la séquence dépend en grande partie de la pureté et du dosage de l'ADN.

Pour toute information supplémentaire, n'hésitez pas à contacter Michèle.